Пени считаются от всей цены контракта?

Нет, от неисполненной части. Поэтому частичная поставка в срок заметно снижает пени.

Может ли заказчик одновременно начислить пени и штраф?

Пени — за просрочку, штраф — за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательства. Это разные основания, и по одному контракту могут быть оба.

Бесплатно, без регистрации

Калькулятор пени по госконтракту (44-ФЗ)

Пени поставщику начисляются за каждый день просрочки в размере 1/300 ключевой ставки ЦБ от цены неисполненной части контракта, а не от всей суммы. За неисполнение обязательства, не выраженного в деньгах, отдельно — штраф: 10% цены при контракте до 3 млн ₽, 5% — до 50 млн ₽.

Цена контракта, ₽Уже исполнено и принято, ₽Пени идут только на остаток

Дней просрочкиКлючевая ставка ЦБ, %Впишите действующую ставку

Введите цену контракта.

Как считается

Пени: Неисполненная часть × 1/300 ключевой ставки × дни просрочки. Поставили девять позиций из десяти — пени идут на стоимость десятой.ч. 7 ст. 34 44-ФЗ
Штраф: 10% цены контракта до 3 млн ₽, 5% — от 3 до 50 млн ₽; для контрактов дороже ставка ниже — 1% и меньше.ПП РФ № 1042
Ключевая ставка: Берётся действующая на дату уплаты пеней. Впишите в калькулятор текущую ставку ЦБ.

Вопросы

Пени считаются от всей цены контракта?: Нет, от неисполненной части. Поэтому частичная поставка в срок заметно снижает пени.
Может ли заказчик одновременно начислить пени и штраф?: Пени — за просрочку, штраф — за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательства. Это разные основания, и по одному контракту могут быть оба.

Расчёт — ориентир по 44-ФЗ, а не юридическая или налоговая консультация. Точные условия — в извещении закупки.